Kirkens utvikling i Bergen henger nært sammen med byutviklingen og med dens forhold til kongemakten. Byggingen av Kristkirkene på Holmen (nåværende Bergenhus) på slutten av 1000-tallet - de første kirkene vi hører om i Bergen - kan ha vært ledd i en plan om å flytte såvel bispegård som kongsgård dit. Kongsgården ble flyttet fra Alrekstad til Holmen i Kong Øystein Magnussons tid (1103-23), og bispesetet ble formelt flyttet fra Selja til Bergen da levningene av St. Sunniva ble brakt til Kristkirken i 1170. Biskopene hadde lenge før det hatt mer eller mindre fast opphold i Bergen. Behovet for en bispegård må ha meldt seg tidlig, og den kan ha blitt anlagt like ved Kristkirkene rundt midten av 1100-tallet. De eldste opplysningene om den er fra 1183. Et domkapitel, bestående av kanniker med ansvar for prestetjenesten ved domkirken, ble opprettet senest i 1180.

Gjennom sine store hushold og en betydelig tilførsel av varer og tjenester virket kirke og kongemakt fremmende for byutviklingen. I løpet av 1100-tallet vokste byen raskt, og det ble bygget tre klostre og mange nye kirker i denne perioden. Utviklingen fortsatte fram til første halvdel av 1300-tallet. I tillegg til å forkynne kom kirken snart til å spille en viktig rolle for undervisning og som formidler av europeisk kultur, ikke minst innenfor byggekunst, bildende kunst og litteratur.

Tidlig i middelalderen ble alle landets biskoper tilsatt av kongen. I Bergen var det først i 1256 at domkapitlet formelt sto for bispevalget, men kongens innflytelse var fortsatt betydelig. Forholdet mellom de to partene var fram til de siste tiårene av 1200-tallet i hovedsak harmonisk. Både kirken og statsmakten hadde fordeler av den nære forbindelsen. Kirken kunne best utvikle seg i et samfunn med fred og orden, og kongemakten var den som kunne sikre dette. For kongemakten var det klart en fordel at den kristne lære fikk rotfeste i samfunnet. Blant de geistlige kunne kongen dessuten hente lese- og skrivekyndige menn til hjelp i statsstyringen. Kong Håkon Håkonsson (1217-63) hentet råd hos biskopen i mange viktige saker, og kannikene ble brukt som kongelige sendebud i inn- og utland.

Før midten av 1200-tallet etablerte to tiggerordener seg i Bergen – fransiskanerne i Vågsbunnen og dominikanerne på Holmen. Disse ordenene la helst sine klostre til byer, der de kunne nå flere folk med sin forkynnelse og samtidig sikre sitt livsopphold. Deres høye lærdomsnivå var trolig en av grunnene til at dominikanerne fikk bygge sitt kloster like ved domkirken og kongsgården. Fra først av kan biskopen og domkapitlet ha sett fordeler ved å samarbeide med dominikanerne. Ved deres hjelp kunne den teologiske utdannelsen for prestene i bispedømmet styrkes, og forkynnelsen av den kristne tro ville nå enda flere.

En rekke saker kom etter hvert til å ødelegge det gode forholdet mellom bispekirken og tiggerordenene, og da særlig i forholdet til dominikanerne. Privilegier utstedt av paven unndro tiggerordenene fra biskopens overoppsynsrett og jurisdiksjon. Det var vanskelig for biskopen og domkapitlet å tolerere at ”prekebrødrene” skulle ha rett til å utføre de samme oppgavene som sogneprestene.

Den langvarige ”privetstriden” gjorde ikke forholdene bedre. Denne startet da kannikene i 1247 bygget sine avtreder i skråningen ovenfor klosteret, slik at kloakken rant nedover mot klosteret og var til sjenanse for munkene og dem som besøkte kirken deres. Senere oppsto det strid om en allmenning som var en hovedvei ut av byen mot nord. Denne gikk mellom dominikanernes kirke og biskopens naust. Kong Eirik Magnusson (1280-99) hadde gitt allmenningen til klosteret, men biskopen mente å ha krav på den. Han kunne i så fall hindre folks frie ferdsel til klosterkirken. Under den pågående striden vedtok kannikene at prester som hadde nær kontakt med dominikanerne kunne miste sin stilling. Folk flest fikk forbud mot å tilkalle dominikanermunker til sykeleier og å gi dem almisser. Biskop Narve, selv tidligere dominikaermunk, forsøkte uten hell å hindre dette. Striden ble først avgjort i slutten av 1320-årene. Dominikanerne fikk da rett til å forkynne, ta imot skriftemål og forrette ved begravelser, men måtte be folk om å betale den vanlige tienden til bispekirken. ”Privetstriden” ble endelig avsluttet ved at avtredene ble renset, og biskopen fikk, i likhet med resten av byens befolkning, bruksrett til allmenningen.

I første halvdel av 1300-tallet kan det ha vært mellom 200 og 300 geistlige i Bergen.

I første halvdel av 1300-tallet kan det ha vært mellom 200 og 300 geistlige i Bergen. En del av dem tilhørte den kongelige kapellgeistligheten som ble opprettet på 1200-tallet. De kongelige kapellene var kirker som kongen selv hadde bekostet oppføringen av. Etter gammelt skulle de dekke kongefamiliens (og deres følges) behov for kirkelige tjenester. I alt ble det bygget fjorten slike kapell eller kirker i Norge i middelalderen, og seks av dem lå i Bjørgvin bispedømme.

I Håkon Vs regjeringstid (1299-1319) ble de geistlige i de kongelige kapellene ordnet som en egen kirkelig institusjon, godkjent av paven i 1308. Leder for den nye institusjonen var prosten ved Apostelkirken, som fikk tittelen kapellmagister. For kongen var opprettelsen av eget presteskap ikke minst en politisk sak. Han var avhengig av skrivekyndige og velutdannede personer i statsstyringen. Disse hadde tradisjonelt vært rekruttert blant geistligheten, men behovet ble større i takt med at statsapparatet vokste sterkt i høymiddelalderen. Gjennom opprettelsen av et kapellpresteskap knytte kongen til seg godt utdannede menn, som var avhengige av ham med hensyn til stilling og økonomi. Dette styrket kongens politiske posisjon både i forhold til bispekirken og til verdslige stormenn.

Paven gav kapellgeistligheten visse privilegier. Blant annet fikk kapellmagisteren begrensede biskopsrettigheter. Når der ikke var andre biskoper til stede kunne han i noen tilfeller bære mitra, ring og stav. Han kunne også visitere de øvrige kongelige kapellene, innsette nye preser i disse og om nødvendig refse prestene der for mindre alvorlige forbrytelser. Nyordningen førte snart til konflikt. Biskopen på den ene siden, og kongen og kapellmagisteren på den andre, tolket pavens privilegier noe ulikt. Biskop Arne (1304-14) hadde store innvendinger mot kapellmagisterens visitasrett og rett til å ansette prester. Uenighetene gikk så langt at paven i 1311 kom med en ny uttalelse som gjorde det klart at kapellgeistligheten ikke var unntatt fra biskopens overhøyhet.

Tiendebetalingen var et annet stridsspørsmål i tiden etter 1280. Under formynderregjeringen for kong Eirik Magnusson gjorde denne saken at kirkens forhold til kongemakten og til byens befolkning ble tilspisset. Kong Håkon Håkonsson hadde i sin regjeringstid (1217-63) innført tiendeplikt for alle som drev økonomisk virksomhet i byen - også for utenlandske vintersittere. Plikten ble nærmere fastsatt i et eget tienderegulativ i 1277. Tyske vintersittere nektet likevel å betale, og da formynderregjeringen i 1280-årene heller ikke ville godta regulativet, ble det lettere å vri seg unna. I 1307 ble de tyske skomakerne som leide kongens gård i Vågsbunnen trukket inn i striden. De betalte tiende til Allehelgenskirken, et av de kongelige kapellene, og ikke til de vanlige sognekirkene i Vågsbunnen. Kongen tok skomakerne i sitt vern og i 1309 fikk prestene i hans kapeller forbud mot å adlyde påbud fra bispekirken. Da de tyske vintersitterne samme år ble stevnet til biskopen for ikke å ha betalt tiende, nektet de å betale dersom ikke kongen påla dem det. Kongen hadde allerede et anstrengt forhold til kirken, og ville ikke sette makt bak et betalingspålegg. Vintersitternes handelsboikott av byens geistlige i 1311 tvang imidlertid kongemakten til å stille seg på kirkens side, og vintersitterne ble pålagt tiendeplikt på lik linje med norske bymenn.

Stiden fortsatte. I 1319-20 ble det fortsatt klaget over at kapellgeistlige holdt tilbake tiende og krenket sogneprestenes rettigheter. Biskopen truet i 1320 med å lyse i bann alle prester som ga kirkelige tjenester til andre presters sognebarn, uten i nødsfall. Samtidig ble de første kjente sognegrensene vi kjenner i Bergen trukket opp, i alt fire sogn. Disse tiltakene hadde først og fremst til hensikt å sikre prestenes inntektsgrunnlag, men var også et maktpolitisk spørsmål. På et kirkemøte samme år ble det nedsatt en kommisjon som skulle løse stridsspørsmålene mellom kapellgeistligheten og biskopen. Biskopens rett til å fastsette sognegrenser og tildele sjelesorg ble fastsatt.

Svartedauden i 1349-50, og senere pestepidemier, førte til reduserte inntekter for kirken. I tillegg var det så få prester igjen i bispedømmet at biskop Gisbrikt i 1351 måtte be paven om tillatelse til å innsette prester som ikke var fullt utlærte. Likevel beholdt kirken sin dominerende rolle utover i senmiddelalderen. I og med at kongehuset flyttet fra landet, ble kirken på mange måter mer dominerende enn i tiden før reformasjonen.