"Nonnesætter, som nu er Lunggaarden, findes at have været til 1134, udi Kong Magnus Blindes Tiid. I Kong Fredriks den førstes Tiid var det alt øde, og blev det av ham foræred til Hr. Vincentz Lunge, som deraf lod bygge den skiønne Gaard som nu kaldes Lungegaarden". (Ludvig Holberg i "Den Berømmelige Norske Handelsstad Bergens Beskrivelse", København 1737)

Hvilket år Nonneseter kloster ble opprettet vet vi ikke med sikkerhet. Så tidlig som i 1134 var det neppe, men mye taler for at det ble grunnlagt i løpet av 1140-årene. Biskop Sigurd av Bergen grunnla i 1146 et mannskloster for cistercienserordenen på Lyse i Os. Nonneseter, landets eneste kvinnekloster for denne ordenen, har trolig blitt anlagt omtrent på samme tid. Kanskje var det biskop Sigurd, eventuelt i samarbeid med kongemakten, som sto for opprettelsen.

Håkon Håkonssons saga forteller at kong Magnus Lagabøte og dronning Ingeborg overlot sinn lille sønn Olav til nonnene da de skulle på en reise til Trondheim i 1262. Nonneseter kloster er ellers nevnt i en rekke brev og testamenter.

Håkon Håkonssons saga forteller at kong Magnus Lagabøte og dronning Ingeborg overlot sinn lille sønn Olav til nonnene da de skulle på en reise til Trondheim i 1262.

Cistercienserordenen ble stiftet av Robert av Molesmes i 1098 i Citeaux, Frankrike. Ordenen bygget sitt tankegods på benediktinerordenens grunnprinsipper, der arbeid og bønn er hovedelementene i et fromt liv. På denne tiden var moralen begynt å bli lav i mange benediktinerklostre. En munk drømte en natt at jomfru Maria hadde bedt Gud om å spare menneskene fra jordens undergang - hun skulle til gjengjeld sende menneskene en orden som skulle etterleve fattigdomsløftene, og leve og arbeide for Gud. Dette ble cisterciensernes oppgave; de skulle reformere klostervirksomheten. Ordenens kirker ble etter dette alltid bygget til den hellige jomfru Marias ære.

Enda større betydning fikk ordenen en tid senere, da en munk ved navn Bernhard ble abbed i datterklosteret Clairvaux. Bernhard av Clairvaux (1090-1153) kalles cistercienserordenens andre stifter, og etter ham har ordenen også blitt kalt bernhardinerordenen. Bernhard skal ha vært en svært karismatisk kirkelig leder. I løpet av hans levetid vokste Cistercienserordenen til en stor bevegelse. Rundt år 1150 fantes det nær 350 klostre i Europa!

Nonneseter hadde store jordeiendommer. Sannsynligvis ble det drevet jordbruk i direkte tilknytning til klosteranlegget. Vi kan tenke oss at dette var hagebruk, med dyrking av grønnsaker og urter til mat og medisinske formål.

Det er også grunn til å tro at nonnene startet driften av Sankt Jørgens hospital for spedalske. Området der hospitalet ble bygget var tidligere Nonneseters beitemarker. Dessuten var kirker og klostre de eneste "institusjonene" som drev med sykepleie på denne tiden. "Hospitalet ved Nonneseter" er nevnt i en kilde fra 1411. Fra 1438 ble hospitalet for spedalske omtalt som "St. Jørgen".

I senmiddelalderen er det lite vi hører om Nonneseter. Pesten i 1349-50 kan ha svekket klosterets inntektsgrunnlag. I 1507 forlot cisterciensernonnene klosteret. Angivelig ble de jaget grunnet "løsaktig og dårlig oppførsel". Hadde den hellige jomfrus utsendte på jorden tapt sin moralske integritet? Antonitterordenen, en munkeorden stiftet i 1095 som en hospitalsorden og oppkalt etter den hellige Antonius (født i Egypt rundt år 250), overtok Nonneseter kloster. I 1528 gikk det over i verdslig eie da kong Frederik I overlot klosteret til riksråden sin, adelsmannen Vincens Lunge. Han begrunnet sin overføring med at antonitterne hadde fortsatt den løsaktige og umoralske livsførselen som tidligere hadde ført til at nonnene ble jagd fra klosteret.

I de siste tiårene før reformasjonen er det ikke utenkelig at et åndelig og moralsk forfall preget byens klostre. Vi skal likevel ikke glemme at slike anklager ofte kom fra dem som hadde fordeler av at klostrene ble oppløst. De store klostergodsene var ettertraktede len for den klassen av verdslige stormenn som Vincens Lunge tilhørte. Han bygget Nonneseter om til "den skiønne Gaard", som Holberg nevner.

Klosterkirkens tårnfot står fremdeles mellom Bergen offentlige bibliotek og Jernbanestasjonen. Tårnfoten, som er i romansk stil, er i dag minnekapell over de som falt i 2. verdenskrig. Et sidekapell i gotisk stil finner vi i Kaigaten 3. Her var det døvekirke fra 1951 til 1989.