Prinsesse Margareta var datteren til Kong Eirik Magnusson og dronning Margareta Alexandersdatter, som var av skotsk kongeætt. Eirik Magnusson var sønn av Magnus Lagabøte og dronning Ingeborg. Året etter at han ble kronet til konge i 1280 giftet Kong Eirik seg med Margareta av Skottland, og i 1283 ble lille prinsesse Margareta født. Samme år ble hennes mor gravlagt i Store Kristkirke, i muren på nordsiden av koret.

Prinsesse Margareta ble anerkjent som arving til den skotske tronen i en alder av to år. Da hun var seks år ble hun sendt til Skottland for å bli gift med den engelske arveprinsen Edward, som senere ble kong Edward 2. av England. Lille Margareta ble aldri gift, hun ble syk og døde trolig på Orknøyene i 1290. Liket hennes ble sendt tilbake til Bergen, og hun skal ha blitt gravlagt sammen med sin mor. Den skotsk-engelske alliansen ble det ingenting av, og dermed kunne historien om prinsesse Margrete vært slutt nesten før den begynte.

I år 1300 dukket det imidlertid opp en kvinne i Bergen som hevdet at hun var prinsesse Margareta. Da hadde kong Eirik allerede vært død et år. Margareta og hennes mann kom med skip fra Lübeck, og presenterte bergenserne for følgende historie: Hun hadde reist mot Skottland sammen med biskop Narve av Bergen og fostermoren Ingeborg Erlingsdatter og hennes mann Tore Håkonson. På Orknøyene, hvor hun angivelig skulle ha dødd av sykdom, hadde hun blitt solgt av fostermoren. Senere endte hun opp i Tyskland, hvor hun etter hvert ble gift. Nå var hun kommet tilbake, og ville hevde sine rettigheter som kongsdatter.

Deler av presteskapet i Bergen og store deler av folket trodde på henne. Men hun kom ingen vei med sine krav, biskopen og myndighetene hadde ingen tro på historien hennes. Hun og mannen hennes ble dømt som bedragere etter landsloven. Mannen ble halshugget og den falske Margareta ble brent på retterstedet på Nordnes i 1301.

Historien slutter ikke med dette. Innbyggerne i byen hadde stor tro på den falske Margareta og begynte å valfarte til retterstedet hennes. Biskop Audfinn likte dette dårlig, og nedla forbud mot dyrkelsen i 1320, til liten nytte. Den falske Margareta hadde vært død i mer enn 60 år da det ble reist en kirke til hennes ære på retterstedet. Dette var sannsynligvis en kirke i tre, trolig en stavkirke. Margaretakirken mottok testamentariske gaver gjennom bergensfarertestamenter, det siste kjente i 1515. Det kan ha vært holdt gudstjenester i Margaretakirken fram mot reformasjonen.

Historien om Margaretakirken er en historie om folkets overbevisning mot øvrighetens. Men hva var det som gjorde myndighetene så sikre på at Margareta fra Lübeck var falsk? Margareta fra Lübeck hadde vært grå i håret, og hun hadde neppe finregnet på årstallene: Hun sa selv at hun var ”omkring 40 år”. Dersom prinsesse Margareta hadde vokst opp, ville hun ha vært 17 år i år 1300. Den siste spikeren i kisten for den falske Margareta var at kong Eirik selv hadde åpnet sin datters kiste da hun kom hjem fra Orknøyene, og bekreftet identiteten hennes.