Forskjellen mellom de to fengslene var himmelvid. I kretsfengselet kunne fangene se himmelen gjennom sine gittervinduer. Rådhusets arrestlokaler lå i kjelleren. I Kretsfengselet fikk fangene som regel enecelle, i Rådhuset satt man klumpet sammen, kvinner og menn på samme celle.

Rådhusets kjeller var både politistasjon og fengsel. På den måten var det en viss kontroll med det som foregikk. Men forholdene for fangene var likevel elendige. Det fantes ingen luftegård, hvor de innsatte hadde anledning til å få litt frisk luft og bevegelse. Dersom de fikk lov til å røre på seg foregikk dette i gangen utenfor celledørene.

Byfogden A.C. Dass skrev i 1750 til stiftsbefalingsmannen: ”I alle disse mange hulle og gange er dog ei et sted, hvor arrestforvalteren kan boe, og saalenge han ei kan boe hos og under arrestanterne, er det ham umuligt at have inseende med ild, lys og varme, som de arme mennesker dog kunde behøve. […] I den tilstand må de arme mennesker sidde nat og dag et halvt, et helt, halvandet, ja to aar, alt ligesom sagen appeleres fra ret til anden, i et hul indelugt, i stank og mørke, i kvalme, uden lys, uden varme og uden vederkvægelse, hvilket ofte er tungere enn straffen selv, da de dog kun sitte i forvaring.”

Fangene i Rådhuset satt altså i varetekt – når dommen endelig falt, kunne de bli sendt på Slaveriet på Bergenhus festning, de kunne bli bøtelagt, prylt eller henrettet. Henrettelse var en vanlig avstraffelse, og bevisbyrden var ikke nødvendigvis tung. Harald J. Hansen nevner i sin trykksak om Det Gamle Rådhus noen eksempler:

Den 24. 4. 1630 ble en kvinne henrettet. Hun hadde stjålet fra Jens Wistens klokker. Åtte dager tidligere hadde hun stått brud i Korskirken. 2 tyver som hadde stjålet fra Jochum repslager, ble hengt 31. 1. 1631.

I 1632 ble en pike grepet. Hun ble anklaget for å ha fått et skip til å forlise, men etter at hun var pint og dømt, tilsto hun at det var Herlofs Anne som var den skyldige. Sistnevntes hals ble den 19. Juni tirsdagsnatt omdreiet i fengslet. 7. mai 1633 ble en jungmann brent for trolldom. (Kanskje disse satt i Trollkjerringarresten, som en av cellene ble kalt fram til 1835.)

Svarte Hans ble arrestert i 1634 for å ha hjulpet en skomakerdreng som var fra vettet, til å få sin forstand igjen. Som takk for dette, ble han satt i Rådstuens fengsel og henrettet. Han strittet så lenge imot at henrettelsen måtte utsettes.

Henrettelser var alminnelig. En som slapp levende ut var fengselsfuglen og utbryterkongen Gjest Bårdsen Sogndalsfjæren. Han flyktet fra arrester og fengsler 57 ganger. Til sist ble han satt på Akershus festning, hvor han slapp ut etter å ha blitt benådet. Til Gjest Bårdsen ble det spesialbygd en halskjetting som i dag finnes i samlingen til Bergenspolitiets kriminalsamling.

I Rådhuskjelleren var også den såkalte Dårekisten, hvor sinnslidende ble plassert. Byens tilbud til psykisk syke var den gangen et fellesrom ved siden av fengselscellene.