Mariakirken har to tårn, med en romansk stil med innslag av høygotisk karakter i koret. Kirken har landets første vindu av glass. Det fikk den i 1336, da et tysk glassmaleri ble testamentert til kirken og satt inn i en glugge i nordre korvegg. Mariakirkens grandiose utforming kan tyde på at den i sin tid kan ha vært en hovedkirke i byen. Med sine tre skip og to tårn likner kirken på en katedral i miniatyr, noe som kan lede oss til å tro at den var ment å være byens hovedkirke. Dette kan imidlertid ikke bevises. Vi vet ikke annet enn at den har vært en sognekirke. Til gjengjeld har den vært sognekirken til en økonomisk meget sterk gruppe – hanseatene. Kjøpmennene fra Bryggen fikk overta Mariakirken i 1408. På folkemunne ble Mariakirken kalt Tyskekirken, og tyskerne beholdt Mariakirken som sin kirke lenge etter at hanseatenes dominans var brutt. I 1839 vedtok Stortinget en lov som opphevet den tyske menigheten i Bergen. Nå var det ikke lenger en plikt, bare en rett å tilhøre menigheten. Kanskje ikke så rart, med tanke på at kirken for eksempel ikke hadde mer enn ca. tyske 60 medlemsfamilier i 1831. I 1866 ble det foreslått at Mariakirken skulle bli sognekirke med Sandviken som underliggende kapellani. Likevel ble det holdt prekener på tysk i kirken fram til siste mellomkrigsperiode.

Vi kan nok takke de økonomisk sterke hanseatene for at kirken er så rikt utsmykket som den er. Mariakirkens kunstverk strekker seg over 700 år. I koret finnes et tysk alterskap fra slutten av 1400-tallet, som er kirkens eldste inventarstykke og det eneste fra katolsk tid. På veggene rundt alteret henger 15 legemsstore statuer; de 12 apostlene, samt Johannes døperen, Moses og Paulus. Disse statuene er utført av Søfferen Oelsen i 1634.

Blant all kunsten i Mariakirken er prekestolen den flotteste, og unik i norsk sammenheng. Den ble skjenket kirken i 1676, men er av ukjent opprinnelse. Rundt prekestolens utside er det felter med de 8 kristelige hoveddyder fremstilt som kvinner med ulike attributter. Over prekestolen er en baldakin i to etasjer med en kristusfigur på toppen. På undersiden finnes en rikt utsmykket lydhimling, dekorert med dyrekretsens bilder. Prekestolens bunn har form av en halvkule. På den er stjernebildene på himmelglobusens sørlige hemisfære malt. På undersiden av den kuppelformede prekestolhimlingen finner vi en tilsvarende fremstilling av den nordlige hemisfære. Fremstillingen av himmelglobusen bygger ifølge en innskrift på observasjoner gjort av den danske astronomen Tycho Brahe (1546-1601). Hans observasjoner gjorde det mulig for den tyske astronomen Johannes Kepler (1571 - 1630) å finne lovene for planetenes bevegelser.

Også i Mariakirken står musikken sentralt. Kirken er stolt av sitt kor, Maria Vocalis, som har spilt inn CD-plater, og opptrådt i Westminster Abbey og St. Paul Cathedral. I tillegg er kammerkor og kammerorkestre knyttet til menigheten. Kirken fikk tidlig sitt første orgel. Kanskje var Adrian Oellsen, som er nevnt i 1563, den første organisten?
Orgelet som er i bruk i dag er fra 1974. Det er bygd av Paul Ott, og er en gave fra Den Evangelisk-Lutherske Kirke i Tyskland. Åpenbart har Mariakirken fremdeles sterke bånd til Tyskland.