Lille Kristkirke og Store Kristkirke var sentrale i kirkesenteret som utviklet seg på Holmen i middelalderen. Kirkene var plassert like nord for Håkonshallen. Kristkirkene var kongers og dronningers kirker. Her ble de kronet, og her ble de gravlagt.

Kirkene ble påbegynt under Olav Kyrres regjeringstid (1066-93). Lille Kristkirke ble bygd i tre, og sto ferdig forholdsvis raskt. Store Kristkirke ble et mer monumentalt bygg i stein, og ble ikke ferdigstilt under Olav Kyrres tid. Sannsynligvis har Lille Kristkirke fungert som en midlertidig kirke for biskopen i påvente av at Store Kristkirke skulle bli ferdig. Lille Kristkirke var kongelig begravelseskirke; Harald Gille (død 1136) og Sigurd Munn (død 1155) ble begravet derfra.

Lille Kristkirke var antakelig en trekirke, men kildene åpner også for at den på et senere tidspunkt kan ha vært gjenoppført i stein. Store Kristkirke var i alle fall bygget av stein. Det var vanlig at utenlandsk ekspertise ble hentet inn til slike monumentale kirkebygg, og Store Kristkirke ble ganske sikkert påbegynt av engelske håndverkere. Senere kan den videre byggestilen være påvirket av domkirken i Lund. Håndverkere fra Lund har arbeidet ved flere kirker i Bergen i årene fra ca. 1130 til 1170. Dermed ser det ut til at Store Kristkirke var utsmykket med skulpturer på søylehoder, hvelv og buer, i en byggestil som ble moderne på denne tiden.

Det var korsbrødrene i domkapitlet som hadde ansvar for prestetjenesten ved Kristkirken. Domkapitlene var kollegier av prester med gudstjenesteansvar ved domkirkene. Prestene hadde fast plass i koret, og ble derfor kalt korsbrødre. De ble også kalt kanniker etter det latinske ordet canonici fordi de levde etter en hellig regel (canon). Kannikene hadde stor makt, blant annet ved bispevalg. De styrte kirken i perioder da bispestolen sto tom. Kannikene hadde også innflytelse i valg av abbeder og abbedisser ved klostrene. I en tid hvor kirkens makt kunne sidestilles med kongens, var disse maktmidlene ikke ubetydelige.

Blant kjente navn fra historien vet vi at Magnus Erlingson ble kronet i Kristkirken i 1163/64. Kong Sverre ble kronet her i 1194, og Håkon Håkonson ble kronet i 1247. Også Magnus Lagabøte og dronning Ingeborg ble kronet i kristkirken i 1261. Eirik Magnusson ble kronet i 1280, og hans dronning Margareta Alexandersdatter ble kronet etter vielsen i 1281. Dronning Margareta, som var skotsk av fødsel, ble gravlagt i Kristkirken 1283, bare to år etter at hun ble gift og kronet. Datteren hennes, som hadde fått navn etter moren, døde på vei til Skottland i 1290. Barnet skulle overta den skotske tronen. Hun ble ført tilbake til Norge og gravlagt sammen med sin mor. Lille Margareta ble en myteomspunnet skikkelse i Bergen, dette kan du lese om under Margaretakirken.

Det sies at levningene etter Bergens skytshelgen Santa Sunniva har vært oppbevart i Store Kristkirke. Legenden om Sunniva forteller at hun var en irsk kongsdatter. Etter farens død omkring år 960 overtok Sunniva riket. Hennes skjønnhet og sterke tro var viden kjent. En vikinghøvding hadde hørt rykter om Sunniva, og reiste for å hærta landet og for å ta Sunniva til ekte. Snarere enn å bli hedningens brud valgte Sunniva å flykte, og hun kom seg av sted med tre skip. Etter sagnet skal skipene ha drevet utenfor den norske kysten uten verken årer eller segl. Sunniva og hennes folk strandet på den øde øyen Selja i Sogn og Fjordane. Der levde de i huler. Som skipbrudne oppnådde de ikke sympati med lokalbefolkningen på fastlandet, som skal ha vært svært mistenksomme mot de fremmede. De mente at Sunniva og hennes folk forsynte seg med dyrene som de hadde på beite på Selja. Håkon Jarl fikk høre om konflikten, og kom mannsterk for å gjøre ende på de fremmede. Sunniva og hennes folk skal ha gjemt seg i en hule når jarlens skip ble oppdaget på fjorden, og de ba Gud om å skjenke dem et mirakel som kunne redde dem fra å havne i vikingenes hender. Da raste hulen sammen, og Sunniva ble levende begravet med sine folk. Håkon Jarl fant ingen på Selja.

Senere skal forbipasserende ha oppdaget et underlig lys på Selja. Når de undersøkte fenomenet, viste det seg å være en hodeskalle som både lyste og duftet. Hulen med levningene ble gravd ut, og Sunnivas legeme ble funnet uskadd. Levningene hennes ble i 996 lagt i et skrin som ble oppbevart på Selja. Sunniva ble etter dette betraktet som en hellig kvinne. Rundt 1100 ble det grunnlagt et kloster på øyen, og Selja ble bispesete.

Bispesetet ble formelt flyttet fra Selja til Bergen da St. Sunnivas skrin ble brakt til Kristkirken i 1170. Der ble skrinet visstnok værende fram til 1531, da den sammen med de andre bygningene rundt Bergenhus festnings murer ble revet som et ledd i kong Fredriks forsvarsstrategi. Han var redd for at den landsforviste kong Kristian skulle komme til å gjøre et forsøk på å ta Norge. Bergens biskop Olav Torkildsson og høvedsmann på Bergenhus Eske Bille stilte seg lojale bak kongen i dette, og innkalte bønder fra Bergens omegn for å rive blant annet Kristkirken.